Dix ans après les exploits de Mark Evans et ses compagnons au collège Raimon, une terrible organisation criminelle menace les jeunes joueurs du monde entier. Nul n'ose la défier, jusqu'à l'arrivée du débutant Arion Sherwind. Les rêves de ce dernier : gagner au sein de l'équipe Raimon, mais aussi ressusciter la légende des Inazuma Eleven ! L'enthousiasme et le courage de ce nouveau venu seront-ils suffisants pour insuffler à ses camarades l'énergie de la victoire ?
Il n'y aura bientôt plus de football sur Terre ! Afin d'éviter cette catastrophe, Arion et ses amis du collège Raimon affrontent le terrible Protocole Omega 2.0. Pour les aider, Fei Rune, leur allié du futur, les entraînent à travers le temps afin de rassembler les auras des personnalités les plus courageuses de l'Histoire de l'Humanité.
Arion et ses compagnons du collège Raimon croyaient en avoir fini avec les ennemis du football? Après leur dernière victoire, la menace contre leur jeu favori semblait en effet écartée pour bon. Mais c'était sans compter sur les hommes du futur ! Ces derniers cherchent purement et simplement à faire oublier à tous l'existence même du foot? Les Inazuma sortiront-ils vainqueurs de cette nouvelle épreuve ?
Depuis que le collège Raimon a refusé de céder au chantage du 5e secteur, l'organisation qui terrorise le monde du football, notre équipe préférée court un grave danger ! Leur club est en effet menacé de destruction !! Dans le même temps, ils doivent affronter la plus redoutable des équipes du 5e secteur. Heureusement, les Inazuma reçoivent un soutien inespéré qui pourrait bien les sauver...