Quand Kuroo obtient de son ami Charles un journal écrit durant la guerre du Viêtnam, il ignore qu'il va plonger dans la vie d'une femme-médecin qui raconte les ravages et les pertes de la guerre.
Il ignore aussi que ce journal raconte une naissance, celle de son antithèse, le célèbre Kiriko...
L'étudiant en médecine, Kuroo Hazama, se forme à la manipulation et au développement des prothèses médicales auprès du docteur Maruo Hyakki, qui a dû renoncer à la chirurgie après avoir perdu ses quatre membres dans un accident. Avant d'épouser Mio, sa fiancée, le docteur Hyakki est bien décidé à retrouver sa vie d'avant.
Pour cela, il va prendre une décision lourde de conséquences...
Kuroo Hazama, le futur Black Jack, se retrouve cloué dans un fauteuil roulant à cause des séquelles du terrible accident subit dans son enfance.
Il partage ainsi le quotidien de Yajima, un camarade lycéen qui a perdu l'usage de ses jambes après un coup de couteau reçu dans une bagarre...
Un médecin pourtant, va tenter de les sortir de leurs fauteuils...