Ray et Trice vivent dans un monde dévasté dans lequel les humains semblent avoir disparu. Suite à l'attaque de mystérieux nomades du ciel, Ray perd celle qui a été son unique partenaire pendant quinze ans. Le coeur brisé par la mort de Trice, mais guidé par ses dernières paroles : « Va de l'avant, Ray !», l'adolescent entame un long périple. Pour la première fois, Ray explore le monde, rencontre d'autres humains, et découvre ce qui s'est passé sur Terre. Il réalise aussi qu'il est le "Zéro", le seul être capable de s'opposer aux gijin et l'ultime espoir de la race humaine...
Dans un monde en ruine d'où l'humanité semble avoir été éradiquée, Ray cherche désespérément d'autres survivants sous le regard inquiet de son amie Trice. Lorsqu'un attaquant venu du ciel tente de tuer Ray, Trice s'interpose et révèle au grand jour un secret caché depuis quinze ans... Commence alors pour le jeune homme un long voyage, guidé par les paroles de son amie.