Les Gidorons, une espèce insectoïde très évoluée, ont mis à exécution leur terrible plan de conquête de la Terre. Des nuées d'insectes attaquent les humains et les tuent par milliers, plongeant le Monde dans le chaos. Les rescapés tombent dans la folie. Heureusement, une forte pluie s'est mise à tomber, faisant cesser les attaques des Gidorons et apporte un peu de répit à l'Humanité.
Cloîtré chez lui, le jeune Manabu est manipulée par Michiko, qui veut lui faire perdre confiance en son ami Yanma, le Microïd. Yanma trouve que le comportement de Michiko est étrange et décide de la suivre avec Manabu, Ageha et Mamezo.
Une espèce d'insectes très évoluée, les Gidrons, bâtissent un empire géant, profondément enterré sous le désert de l'Arizona, aux Etats-Unis. Ils fomentent leurs plans pour envahir la Terre, afin de la libérer des hommes qui la polluent au nom du progrès et de la civilisation. Un Microid, Yanma, esclave des Gidrons, s'échappe du nid où il était prisonnier avec Ageha et Mamezo, afin d'aller alerter les Humains sur le danger d'invasion imminente.