Des années ont passé depuis qu'Akira a quitté Kyonosuke et mis fin à leur fuite. Ce dernier est désormais à la fac, perdu et triste, incapable de l'oublier. Il reste victime de brimades à cause de son physique mais n'hésite plus à répliquer, quitte à prendre des coups. Il retrouve par hasard Kenta. Celui qui avait fait passer des moments terribles à Kyonosuke est désormais un garçon solaire, aimable et généreux. Une amitié se crée entre eux deux. Kenta pousse Kyonosuke à cesser de se lamenter et, ensemble, ils se lancent à la recherche d'Akira.
Rapidement mis en difficulté dans leur fugue improvisée, ils trouvent refuge auprès d'Aiko et Koichi, un couple atypique dont l'histoire n'est pas sans rappeler celle des deux adolescents. Est-ce le début d'une nouvelle vie chaleureuse et heureuse pour ce quatuor improbable ? Autrement dit, pourront-ils se cacher éternellement alors qu'un détective privé a été lancé à leurs trousses ?
Cicatrices raconte une histoire d'amour entre deux collégiens, Kyonosuke et Akira, dans une petite ville de la campagne japonaise. Kyonosuke est un jeune garçon dont une partie du visage a subi une greffe de peau, et se voit traversée d'une importante cicatrice. Akira est une jeune fille trans de la même école. Kyonosuke fait face aux brimades de ses camarades tandis qu'Akira subit les coups de son père qui ne reconnaît pas son identité sexuelle. Leur rencontre et le début d'une relation amoureuse vont les amener à tenter de fuir cet environnement toxique. Mais sont-ils capables de s'accepter et d'accepter l'autre autant qu'ils le pensent ?