Hinata Harusawa reçoit un jour un appel : le corps de son meilleur ami, Sora Otonashi, disparu lorsqu'ils étaient en deuxième année de lycée, a été retrouvé. En observant la toile que Sora avait peinte avant sa disparition, un de ses amis remarque quelque chose... et est immédiatement attaqué par un inconnu...
Hinata est désormais conscient de la relation malsaine que Sora et le professeur Hakuraku entretenaient. Il va tout faire pour arrêter Sora et tenter de lui faire entendre raison. Mais devenu complètement fou, ce dernier va plonger Hinata dans le coma... À son réveil, Hinata a fait un bond dans le passé et se retrouve enfant... Il tente alors de sauver Sora de son funeste destin et de libérer l'âme meurtrie du professeur Hakuraku.
De retour dans le passé, Hinata tente tant bien que mal d'éviter la disparition de son meilleur ami Sora. Un jour, une installation artistique dévoile à ses camarades un secret que seul le Hinata du futur connaît : elle représente le corps de Sora caché dans les murs de la salle d'arts plastiques. Hinata s'attend alors à ce que le coupable soit vite démasqué, et pourtant, c'est Sora lui-même qui s'évanouit. Alors que Hinata l'emmène à l'infirmerie, il croise en chemin Shinohara qui lui dit : « Si tu ne veux pas que Sora meure, tu dois me suivre ! »