Entre quête pour récupérer les dernières parties du corps de Hyakkimaru et révélations foudroyantes sur le passé de Dororo, le parcours initiatique des deux protagonistes bat son plein. Hyakkimaru parviendra-t-il à retrouver une véritable raison de vivre ? Et Dororo, quant à lui, saura-t-il se tirer des griffes de ses ennemis ?
Hyakkimaru est né amputé de 48 parties de son corps, chacune ayant été emportée par un démon avant sa naissance. Devenu un jeune homme, il se découvre le pouvoir d'attirer vers lui monstres et démons. Accompagné de Dororo, un petit voleur, il part à la recherche d'un endroit où il pourra enfin vivre en paix. Mais son voyage ne sera qu'une suite ininterrompue de luttes contre des esprits malfaisants...