L'histoire nous entraîne au cœur de Luna Nova, une académie spéciale où les sorcières viennent apprendre et perfectionner leur magie. Atsuko Kagari, dite "Akko", nourrit depuis toute petite l'envie de devenir une véritable sorcière comme son idole Shiny Chariot. La fillette va intégrer la prestigieuse académie où elle va développer ses pouvoirs, mais également se faire des amies, Lotte et Sucy.
Lancement de la course de balais inter-écoles, dans laquelle les apprenties sorcières mettent leur honneur en jeu. Mais Diana, le seul espoir de Luna Nova, tombe malade et ne peut plus participer, mettant en péril la victoire de l'équipe. L'école parviendra-t-elle à surmonter cette crise ? Qu'adviendra-t-il d'Akko et de ses amies ?!
La pierre magique, source de la magie de Luna Nova, a été volée par un dragon ! Témoins de la scène, Akko et ses amies se lancent à sa poursuite. Or, ce qu'elles vont découvrir aux ruines de Rastaban, antre des dragons, n'est pas du tout ce à quoi elles s'attendaient... Akko, quant à elle, continue ses efforts pour devenir une sorcière digne de son idole Shiny Chariot mais la magie de métamorphose qu'elle n'arrive pas à maîtriser va lui valoir bien des déconvenues !