Depuis son évasion, Velvet poursuit sa quête de vengeance mais elle n'est désormais plus seule : une étrange sorcière prénommée Magilou, un épéiste du nom de Rokurô et deux "Esprits" l'accompagnent. Eizen, le plus âgé des deux, semble attirer le malheur sur tout ce qui l'entoure, tandis que le jeune et innocent "n°2" rappelle à Velvet de douloureux souvenirs sans le vouloir. En effet, il ressemble beaucoup à son frère assassiné.
À la suite d'un combat où le groupe est désavantagé et doit battre en retraite, Velvet se remet en question et commence à revoir son attitude. Son objectif, éliminer Artorius, reste inchangé, mais elle se rend compte qu'il y a peut-être d'autres façons de procéder.
Après avoir été trahie et jetée en prison, Velvet Crowe n'a plus qu'une idée en tête : la vengeance. Lorsqu'elle parvient à s'évader, elle se met en quête d'Artorius, le "sauveur" du monde, mais aussi celui qui lui a tout pris.