Sailor Moon a perdu presque tous ses alliés, détruits les uns après les autres par les sbires de Galaxia. Consciente d'être la seule à pouvoir vaincre cette ultime ennemie pour ramener la paix sur la Terre, elle décide d'aller la combattre dans son repaire. Elle demande donc à la princesse Kakyû de la conduire au centre de la galaxie, à un endroit appelé Galaxy Cauldron, là où sont créées toutes les étoiles. Là-bas, elle devra mener son plus grand combat afin de pouvoir sauver les autres Sailors et Mamoru... Mais elle ne s'attendait pas à devoir affronter précisément ses amies et l'amour de sa vie, manipulés par la cruelle Galaxia !
Dans un monde où la terre s'est recouverte de sable, un samouraï atypique du nom de Sahara erre seul. Il affronte les nombreux guerriers mécaniques qui rôdent hors des villes avec une étrange épée qui peut prendre la forme de différentes fleurs et plantes. Un jour, il rencontre Yae, une jeune fille qui cherche à rejoindre la vallée de l'arbre-monde, persuadée que celle-ci a été épargnée par les sables et que le bourgeon de la vie existe encore là-bas. Sahara décide alors de la suivre dans son périple. Parviendront-ils jusqu'à l'arbre-monde ?