Team Phoenix T.1

La Team Phoenix a réussi à secourir le fameux patient Alpha qui n'est autre que le légendaire robot Astro, et Fire réussit à sortir Astro du profond coma dans lequel il était plongé. Mais toute l'équipe et Astro se retrouvent coincés à la surface de la Zone Hermétique. Leur prodigieuse navette spatiale, le Phoenix, a été gravement endommagé par Blue Knight, et se dresse en face d'eux le redoutable Atlas fou de rage. Sharaku tente de son côté de réparer le Phoenix, mais dans le chaos qui règne désormais dans la navette, il perd le sparadrap qu'il avait sur le front. Un troisième œil apparaît sur son front et Sharaku se transforme en un être maléfique doté de redoutables pouvoirs télékinétiques. Alors qu'à la surface, les membres de la Team Phoenix sont aux prises avec Atlas et ses généraux, Sharaku lance la transformation du Phoenix, transformation qui ne semble pas connaître de limites...

Cent ans se sont écoulés depuis la guerre entre les espèces vivantes et l'Alliance Robotique. À bord du vaisseau Phoenix, Saphir et ses pirates de l'espace résistent tant bien que mal au joug de l'Alliance Robotique qui contrôle désormais 90% de l'univers. L'équipe du Phoenix réussit à secourir le patient Alpha qui s'avère être Atom, le héros mythique de l'Alliance Robotique, pourtant censé être tombé au combat cent ans plus tôt. Pour sortir Atom du profond coma dans lequel il se trouve, Black Jack relie les implants cérébraux de Fire et d'Atom.

Black Jack rejoint l'équipage de Saphir et réussit à les libérer d'un étrange parasite qui bloquait leur navette. Le vaisseau reprenant vie, il révèle à ses occupants qu'il est en fait le Phoenix, symbole de l'union de tous les peuples et robots de l'univers. Entretemps, Atlas est arrivé à El Nido. Il enrage de ce qu'il trouve. Mais une discussion avec Uran révèle qu'Atlas possède en fait le même corps qu'un certain Atom, grand héros et martyr disparu de la première guerre entre biologiques et robots.