À présent que la véritable nature des Puella Magi est révélée, Sayaka et Kyôko poursuivent leurs aventures, tandis que Madoka n'a d'autre choix que de les soutenir. Kyubey espère toujours qu'elle devienne une Puella Magi, mais Akemi est déterminée à l'en empêcher coûte que coûte. Pourquoi est-elle aussi désespérée ? Comment Madoka finira-t-elle par affronter ses propres sentiments ? Assistez au dénouement de cette bouleversante histoire de « magical girls » !
Une mystérieuse créature nommée Kyubey apparaît devant Madoka Kaname et insiste pour qu'elle devienne une « Puella Magi » - une jeune fille dotée de pouvoirs qui doit combattre le mal. Mais la nouvelle élève de la classe, Akemi Homura, semble vouloir l'en empêcher. Au fil de ces rencontres inattendues, Madoka comprend que son destin est sur le point de changer à tout jamais...
Madoka Kaname, élève en 4e au collège Mitakihara, vit un quotidien parfaitement ordinaire sur fond de rires et de larmes, entourée d'une famille qu'elle aime et de ses meilleures amies. Un jour, elle fait une étrange rencontre. Elle ne sait pas encore si celle-ci est le fruit du hasard, mais cet événement, qui risque de bouleverser son destin, marque le début d'une nouvelle histoire de « magical girls » !