"Z", une arme biologique développée dans le plus grand secret s'est répandue à la suite d'un grand tremblement de terre qui a ravagé la région du Kantō. Pour endiguer l'épidémie, le gouvernement japonais décide alors d'isoler la zone abandonnant les survivants à leur sort, désormais prisonniers d'un monde hostile.
Tetsu avait 12 ans quand est survenue la catastrophe. Un an plus tard, il est devenu le chef d'un groupe d'enfants rescapés et menacés par des bandes impitoyables à la solde d'un homme se faisant appeler l'Empereur.
Résolu à découvrir la vérité et à trouver les responsables de ce drame, Tetsu décide de se lancer dans un grand projet de conquête de territoire. Son but : s'échapper du Kantō.
Après avoir été séparée de Tetsu, Kaoru est sauvée par Saotome et emmenée dans une petite ville à la périphérie de Tokyo. C'est une zone de non-droit, à la frontière du territoire de l'Empereur. Kaoru y fait la
connaissance de celle que tout le monde appelle « La Patronne » et retrouve un semblant de paix dans une région qui se reconstruit.
Pendant ce temps, Tetsu se forme aux côtés du professeur Yaguchi qui l'a recueilli et soigné. Quelques temps plus tard, il entreprend d'unifier les trois districts de Tokyo pour en prendre le contrôle grâce au soutien des parrains de la mafia. Son objectif : trouver le moyen de faire sortir le virus « Z » du Kantô.
Mais la présence visiteur en provenance du monde extérieur pourrait bien compromettre la réalisation de ce terrible projet.
Après avoir perdu ses derniers compagnons, Tetsu accepte de suivre Kaoru pour tenter de sortir du Kantō et découvrir la vérité sur l'origine de la catastrophe. Sur les conseils de la redoutable Hotarubi, ils décident de se rendre au laboratoire d'Atsugi... Là où tout a commencé.